南部科學園區臺南園區開發過程中，發現當地埋存距今約5000年至300年前的史前文化，是臺灣西南部地區文化層序最完整的遺址群。南科考古館為了保存、展示搶救發掘的遺址出土文物而誕生，也成為南部地區文化資產研究的重要基礎。館內展廳包括「南科五千年」、「史前生活面面觀」、「科學的考古」和「兒童廳」，「博物館的秘室」則呈現鮮少出現在公眾眼前的文物保存與維護工作現場。
開放時間
週二至週日：09:00-17:00，每週一休館
如何前往
自行開車：
【汽、機車指引(請停行政服務區地下停車場)】
- 國一南下：經國道一號於 311 號出口下交流道→往善化方向→接安定東路→右轉直加弄大道→接樹谷大道→左轉活水路→接南科七路→右轉環西路二段→左轉西拉雅大道→右轉環東路一段→右轉南科三路→右轉行政服務地下停車場(行政服務區地下停車場)
- 國三南下：經國道三號於 340號 善化出口下交流道→右轉成功路(178縣道)→左轉縱貫公路(台一線)→右轉西拉雅大道→左轉環東路一段→右轉南科三路→右轉行政服務地下停車場(行政服務區地下停車場)
- 國一北上：
經國道一號於 315號-台南系統出口下交流道→接國道八號-往新化方向→於 9號-新市出口下交流道-往台南科學園區方向→左轉新港社大道→接南科南路→右轉南科三路→左轉行政服務地下停車場(行政服務區地下停車場)
- 國三北上：
經國道三號於 346號-新化系統出口下交流道→接國道八號-往台南方向→於 9號-新市出口下交流道-往台南科學園區方向→左轉新港社大道→接南科南路→右轉南科三路→左轉行政服務地下停車場(行政服務區地下停車場)
【大客車(北面停車場)】
- 國一南下：經國道一號於 311 號出口下交流道→往善化方向→接安定東路→右轉直加弄大道→接樹谷大道→左轉活水路→接南科七路→右轉環西路二段→左轉西拉雅大道
大眾運輸：
- 台鐵：
善化火車站→綠1(善化轉運站)→南科商場站下→步行約3分鐘→南科考古館
善化火車站→綠3(善化轉運站)→西拉雅公園站下→步行約9分鐘→南科考古館
新市火車站→綠1(新市火車站)→南科商場站下→步行約3分鐘→南科考古館
新市火車站→綠3(新市火車站)→西拉雅公園站下→步行約9分鐘→南科考古館
南科火車站→南環藍線/北環西橘線/北環東紅線(西側出口陸橋下)→Park 17商場站下→步行約3分鐘→南科考古館
- 公車：
搭乘大台南公車-綠1，於『南科商場』站下車→步行約3分鐘→南科考古館
搭乘大台南公車-綠3，於『西拉雅公園』站下車→步行約6分鐘→南科考古館
搭乘南科巡迴巴士-(紅、橘、藍、綠、棕)線，於『Park 17商場』站下車→步行約3分鐘→南科考古館
- 高鐵：
高鐵台南站→高鐵綠線(6號月台)→Park 17商場站下→步行約3分鐘→南科考古館
友善指引
無障礙廁所：5間
無障礙車位：10格
輪椅借用：10台